スクリプトを実行してもブラウザに何も表示されないのですが

管理画面は表示されるのに、商品表示ページ等が真白になってしまう場合は、「*****.ref」ファイルに著作権表示コマンド(<copyright>)が設定されているか確認してください。

メールマガジン登録や会員登録ができない場合があるのですが

メールマガジン購読登録や会員登録の本登録は、ユーザーが送付されたメールに記載してあるURLをクリックすることで、本登録が完了となります。
ここで、メールソフトにより行が一定の文字数で強制改行されてしまう場合があり、URL部分も強制改行で分断されてしまっている可能性があります。その場合は、分断されているURLをつなげてブラウザに直接入力してもらうか、管理者側で登録する必要があります。

自動生成されるページ以外にも検索窓等を設置したいのですが

「view.ref」等に コマンドを使用して、検索窓のHTMLソースを作成します。
それを、コピーしてパスを調整することで設置可能となります。