<now-level>, <cate-under> 等、カテゴリを表示するコマンドで表示されないカテゴリがあるのですが

管理画面「登録数ファイルの作成/変更」の実行を忘れている場合があります。

商品を追加、変更もしくは削除等を行った場合、必ず「登録数ファイルの作成/変更」を行ってください。
この処理を行うことで、カテゴリに登録商品があるかどうかを割り当てています。
登録商品がないカテゴリは、カテゴリとして登録してあったとしても、商品表示画面等では表示されないようになっていますので、商品追加等を行った場合に「登録数ファイルの作成/変更」を行っていないと、商品登録がないカテゴリと判断されてしまう可能性があります。