<sel-site> で選択メニューの中に空行ができてしまいます

一番多い原因として考えられることは、商品データ(d-goods.cgi)か、ECサイトデータ(d-ec.cgi)が正常に作成されていない場合になります。

管理画面で「データチェック」を行ってみて、もしエラーがでたらその部分を修正してください。